BPTA telah menjalin kerjasama dengan pihak dalam negeri khususnya pihak yang terkait dalam bidang agroforestry. Pelaksanaan kesepakatan kerjasama dalam rangka kegiatan penelitian dan pengembangan kehutanan antara BPTA dengan pihak dalam negeri sudah berjalan dengan baik, sedangkan dengan pihak luar negeri belum terjalin kerjasama. Beberapa instansi/lembaga yang bekerjasama dengan BPTA sampai dengan tahun ini yaitu Balai Penelitian Teknologi Perbenihan Tanaman Hutan (BPTPTH) Bogor dan Universitas Siliwangi Tasikmalaya, PT Holcim Tbk Indonesia serta ICRAF.